理工學院包括應用數學系、應用科學系、資訊工程學系、資訊管理學系、生命科學系、綠色與資訊科技學士學位學程、高齡健康與照護管理原住民專班、以及生物醫學碩士學位學程。綠資學程是一結合綠色科技與資訊科技之跨領域學位學程，聚焦於「綠色產業技術」、「半導體與智慧控制技術」、等領域；高照專班學生是必須具有原住民身分，配合國家長照政策，希望原住民同學經過學習，能夠部落為長者服務。
　　除此之外，還有資訊管理學系環境經濟資訊管理碩士在職專班、資訊管理學系產業管理與數位行銷進修學士班、綠色產業高階管理碩士在職專班、大數據管理應用二年制在職學位學程、食品生物技術應用二年制在職學位學程，提供大家多元的修業年限與領域選擇。
　　生醫碩士學程與臺東醫療院所策略聯盟，提供醫師、護理師、藥師等人員進修機會，2年制的在職專班，網羅了許多在地的資訊、餐飲高階人才，他們能將學習的最新知識，應用在職場。
　　臺東海洋線很長，藍金跟綠金都是非常重要的資源，為充分開發海洋生物科技之研究和技術，國家海洋研究院於111年6月與理工學院簽署合作備忘錄。雙方聚焦於海洋微生物菌種庫與功能研究、生醫保健與美容保養品開發、冷能應用、食品發酵菌種應用、海洋生技產品試量產及水產養殖等六大面向進行開放式交流，積極爭取後續深層海水相關研究計畫的合作與開發，藉由多面向交流與互動，擴大深層海水在產業上的應用領域，提升產業競爭力。

　　東大綠資學程自105年正式招生，結合「綠色能源」與「資訊科技」，規劃綠資實務見學、菲律賓海外移地教學等課程，帶領學生走出校園，走入產業及研究領域，印證自身所學，並瞭解實務應用，培育國際觀也提升競爭力。
　　朱力民主任研究地熱發電，並與臺東知本溫泉業者合作約1000瓦級熱電溫泉發電示範場域安裝測試，所產生電力應用於24小時開燈的更衣室、夜間戶外照明及白天其它電器使用，更可應用於偏鄉或緊急電源。隨著全球期望共同遏阻全球暖化，世界各國紛紛提出各種減量策略，而使用溫泉地熱等再生能源正是趨勢。
　　此外，朱力民主任近期也有全地形車(UXV)的研究，可運用這台全地形車結合風力與太陽能發電，將風力發電機與太陽能板裝設在全地形車上。打造如此一台可產生綠能及儲能，又可做數據量測收集的行動式綠能車，兼顧師生的學習和研究。

　　段老師熱衷環境永續議題，並秉持「地球只有一個、環境保護人人有責」的理念，希望將環境保育的觀念深植每個人的心中。身兼理工學院環境教育中心的主任，段老師會輔導臺東中小學成立環境保護小組及運作，協助地方單位申請環境教育設施場所認證輔導，以及當地自然保育教育計畫之統籌運作、研究推廣。
　　此外，段老師有間動物生理實驗室，其主要任務是探索、瞭解在地球環境變動下，水生生物尤其是珊瑚礁生物，如何因應環境變化，所產生的適應性生理現象。專精珊瑚生態研究的段老師，強調對生物的「保育」優於復育，因復育工作歷時長且成效不佳，先行「保留」才是上上之策。
　　而珊瑚礁是形成海島及陸地的延伸，聚集及保護許多珊瑚礁魚類及無脊椎動物，提供極高的基礎生產力。珊瑚礁地形可說是構成地球最豐富的生態系之一，海洋是所有的生命之母。段老師呼籲民眾及遊客避免進入潮間帶遊玩或踩踏，減少生物多樣性被破壞，造成珊瑚死亡甚至絕跡。

　　農漁牧產品檢驗中心是從97年開始籌備，隸屬於理工學院，通過行政院農業委員會所屬單位之技術輔導，還有衛福部食藥署的認證，確認中心所出的檢驗報告是具公信力的。尤其臺東是農業大縣，中心成了縣內農產檢驗的重要角色，對外服務檢驗送測之農漁牧相關樣品，並協助推廣安全農業相關產品、協助教學研究、 提供學生參觀實習機會。
　　農漁牧產品檢驗中心的工作重點為：作物農藥殘留檢驗、檢驗技術研究；收檢的樣品以蔬果類須600公克且3顆以上，茶類和古物則須300公克以上。中心近年拿到華東基金會的經費，將設備更新並購置一套層氣相層析質譜儀，數據分析更為進階。而說到食用農產的方式，邱教授根據自己經驗表示，糧食攝取採「分散風險」很重要，並盡量選擇當季的農產品為佳。

　　理工學院生物醫學碩士學位學程楊繼江主任，鑑於臺東好山好水，但是居民平均壽命卻是最短、癌症罹患率最高；於是在校方的支持鼓勵之下，成立了生物醫學碩士學位學程，提供醫護專業人才進修的管道。而且臺東有七大原住民族群，比例佔全省最高，原住民族群在基因或是傳統醫學上，有其獨特的古老智慧，很值得進行臨床的研究。
　　楊教授也兼任「國立臺東大學生醫農食研究中心」主任，協助在地農民開發相關生技產品，以提高產值。例如，為了證明芭樂心葉茶是否具有美白的功效，中心協助進行科學的驗證以及發表論文；或是協助民眾萃取植物中可以促進活血化瘀或是幫助傷口修復等有效的成分，再做成傳統的推拿精油按摩軟膏等等。
　　楊主任專長病毒學、免疫學、藥物開發，擁有 13 項 18 件Ａ類發明專利，曾經擔任過武漢大學公共衛生學院名譽教授。面對新冠肺炎的疫情，他建議民眾儘快接種，因為疫苗是是全球公認具有防疫效果的。有機會還是要接受新的次世代疫苗接種，才能趕得上病毒的變異，為自己的身體增加多一層保護。

　　對臺東的民眾而言，防災是非常重要的事情。因臺東地理特性，有超過92%以上的坡地跟森林範圍，而坡地災害型態包括落石、土石流等大規模崩坍，都會嚴重影響人民生命財產安全。臺東大學防災科技資訊中心與地方政府、各級學校都保有良好互動與溝通，結合研究專業並以在地深耕方式建立區域防災資料庫，並定期至國中小進行防災宣導。
由於部分「天災」具有可預測、週期性等徵兆，透過科學方式進行預防與處置；並以科學方式針對災害進行調查、研究、預防與處理，建立本土化且能與國際接軌的災害防制系統。同時，希望大家還要具備基本防災知識，面對災害來臨時的承受跟復原能力，才會越來越好！

　　臺東大學食品生技工廠在105年曾耀銘校長就任之後，積極開始籌畫，於109年9月正式營運，110年10月取得工廠登記字號，成為全國國立大學中唯一具備工廠登記字號的食品生技工廠，創造了國立大學與縣市政府合作推動產業六級化的典範與里程碑。
　　食品生技工廠積極推廣臺東產品特色，目前共有全省50家企業進行產學合作，產出25件產品，創造2000萬以上之商品產值。食品生技工廠對於農民的需求有求必應，以獨特的萃取、-50度C冷凍乾燥等技術，協助研發在地珍貴及特色農產品，如牛樟芝滴粒；魚針草、香檬即溶飲；火龍果、香蕉、芭樂、鳳梨果乾等等，提煉珍貴營養素，創立行銷管道，改善農民生計，守護民眾健康，打造產官學三贏的局面。

　　臺東大學食品生技工廠的特色產品，包含紅藜牛樟芝菌絲體膠囊、魚針草萃取精製滴粒、魚針草精華濃縮即溶飲、東臺珍寶土肉桂膠囊四種。曾耀銘校長研究牛樟芝卓然有成，曾獲得科技部臺灣研究亮點介紹；本校以野生牛樟芝萃取三萜類，富含4AAQB，並通過衛福部九十天毒理備查，產品成效良好，常被搶購一空。
　　魚針草內酯具有抗病毒之療效，曾校長依循祖傳客家秘方之研究，已獲得H1N1預防病毒之專利。系列產品可滋補強身，調整體質，降火氣。東臺珍寶土肉桂膠囊則與花蓮土肉桂農場合作，提煉其珍貴的山奈苷成分，調節生理機能，這些都是東臺灣在地的珍貴物產。
　　食品生技工廠亦提供學生實習之機會，由資深工程師分組帶領，學習各種原物料處理、機器設備之操作、清潔等事項，並輔導學生創業，以達到學用合一的目的！

　　劉教授於中興大學、台灣大學就讀學士、碩士班時，於校內成立生態保育社，發起生態保育，矢志投入環保運動，直到現在，還是臺東環保運動的先鋒。他認為臺東有山有海，空氣清新，是個牛奶與蜜的美好之處，能居住在這裡，真是莫大的福氣。
　　臺東的國有地比例高，因為國有地不准開墾，所以保留了非常豐富的生態。部落社會則是人類的明燈，是未來發展的方向，因為，部落跟自然可以和諧共存。位在臺東大學旁的卡大地布部落，頭目哈古先生保留了極為完整精深的卑南族文化，所以學校辦理活動的時候，劉教授就會邀請他來為學校禱告祈福。
　　劉教授擔任過創新育成中心主任、深層海水產業研究發展中心主任以及友善環境農漁產業發展中心主任。2016年政府開始實施友善環境農業政策，鼓勵農民不要使用農藥跟化肥，劉教授本身是農家子弟，小時候農田不使用農藥，到處都看得到泥鰍；開始使用農藥之後，泥鰍就消失了！農藥不只影響動物生態，人們把農作物吃進肚裡，也對人體產生很大的影響。
　　臺東的溪流非常清澈，就算有污染，也只是輕度；但因為農田灌溉的關係，溪流量減少許多。如果能夠注意生態基礎流量，以省水灌溉的方式，讓農田減少排放甲烷，增加土壤的碳含量，形成有機的循環農業，碳的含量高，不僅對土地、作物是好事，也許將來還可以出售碳權呢！

　　臺東大學前理工學院張義鋒院長，父親是首任的利嘉國小校長，後來轉從商從政，並連任三屆臺東縣議員，任教育委員會委員時，還慷慨捐地給大王國中做為創校之用。如此的家學淵源，讓張教授深受感召，克紹箕裘，一輩子都在教育志業中勤勤懇懇耕耘。 民國92年，臺東大學登報徵求理工學院籌備處召集人，當時已近55歲的張教授，破釜沉舟辭掉了中原教職，參與徵選來到了東大，中年的他，帶著專業及熱情，鮭魚返鄉回饋故里。他緊鑼密鼓的籌備理工學院，除了原有學系之外，並新成立了資訊管理學系、生命科學研究所。為了讓學院步上軌道，他設置院務會議等各項委員會，爭取校務基金，更鼓勵系所同仁爭取校外研究計畫，讓更多的經費挹注教學與研究，完善各項制度，奠定理工學院穩健發展的基礎。
　　繁忙的教書及行政兩頭忙碌，才任職理工學院院長半年，張教授身體就出現了警訊，一檢查已是胃癌三期。幸好師母林初美女士具有醫護背景，一肩扛起照顧的責任，張教授身體逐漸好轉。第二次擔任研發長時，他引進了深層海水南區發展中心與臺東大學進行合作。101年2月劉金源校長上任時，張教授接任副校長，半年之後退休。退休後的他，熱愛臺東大學一如初衷，對校務發展關心不曾間斷，連續四年獲聘東大榮譽教授，繼續奉獻所學，造福學子。